Управлението на шестте енергоблока на централата е съсредоточено в 3 командни зали по една за два блока. Изградени са системи за автоматично измерване, регулиране и управление на централата.

От 1998 до 2001 г. на блокове № 4, 5 и 6 бе изградена система за управление и регулиране, позволяваща блоковете пълноценно да участвуват в АСДУ (Автоматизирана Система за Диспечерско Управление).

Една от командните зали на ТЕЦ Варна, общо са 3.

През 2000-2001 г. на блокове № 4, 5 и 6 бе модернизирана регулацията на турбината и внедрена система за първично регулиране, отговаряща на изискванията на UCTE. Системите за първично регулиране на блокове № 4, 5 и 6 са реализирани на базата на турбинен регулатор Simadyn D.

През 2004 г. е изградена Система за непрекъснат контрол (мониторинг) на емисиите на вредни вещества (NOx, SO, прах), изпускани в атмосферния въздух от парогенераторите на блокове от 1 до 6 в ТЕЦ Варна ЕАД.

През 2003 г. е изградена информационна система за обмен на технологична информация между системите за първично и вторично регулиране TELEPERM XP на блокове № 4, 5 и 6 и административната мрежа в ТЕЦ Варна.

През 2004 г. е внедрена система за термоконтрол на генератора на блокове № 4, 5 и 6.